Dağlıq Qarabağ mühararibəsinə kimi Ağdamda məskunlaşan komanda sonradan köçkün həyatı yaşamağa başlayıb. Ermənilər tərəfindən torpaqları işğal edilən azərilər klubla birlikdə Ağdamı tərk etmək məcburiyyətində qalıb.
"Qarabağ" 1993-cü ildə Bakıya köçüb. Bir müddət sonra kluba yaxşı sərmayə ayrılıb. 2008-ci ildə kluba keçmiş Azərbaycan millisinin üzvü Qurban Qurbanov baş məşqçi gətirilib. Qurbanovla azərilər iki dəfə Avropa Liqasının qrup mərhələsinə vəsiqə qazanıb. Klubda eyni zamanda Ruben Selles kimi mütəxəssis çalışır. Bu məşqçi işinin peşəkarıdır və "Qarabağ"ın uğurlarında böyük pay sahibi olub.

Futbolçuları.

Komandanın kapitanı Rəşad Sadıqov Azərbaycanın ən yaxşı futbolçularındandır. Müdafiəçi eyni zamanda Azərbaycan millisinin də üzvüdür. "Qarabağ"ın çox güclü legionerləri var. Makedoniyalı Muarem Muarem, Bosniya və Hersoqovina millisinin üzvü İbrahim Şehiç, ispaniyalı Mişel, "Anderlext"də oynamış Reynaldo və onun həmvətəni Riçard Almeyda klubun ən təhlükəli futbolçularıdır. 
"Avro-2016"da Albaniya millisinin heyətində oynayan Ansi Aqolli də "Qarabağ"ın əsas futbolçularındandır.